Ein junges Mädchen steht nachts in Shinjuku auf einem Hochhaus, ihr Name ist Glas Heart, ein Codename den ihr die Verbrecher Organisation Zheng Dao Hui aus Taiwan gab. Sie gehört einer Elite Truppe namens Suzaku an, von denen insgesamt vier existieren, Byakko , Genbu , Suzaku und Qinglong. Da sie es nicht mehr ertragen kann unschuldige Personen im Auftrag von Zheng Dao Hui zu ermorden, springt sie nach einen Anruf von ihrer Kontaktperson, die ihr zur Vollendung des 50. Auftrages gratuliert, vom Hochhaus und landet genau auf einen Zaun der ihr Herz durchbohrt.
Zur gleicher Zeit ist Kaori Makimura unterwegs zu einem Treffen mit ihrem Verlobten Ryo Saeba. Auf dem Weg dorthin sieht sie ein Kleinkind, das auf einem Zebrastreifen wie angewurzelt stehen bleibt und fast von einem Lkw überfahren wird. Kaori schubst das Mädchen mit einem Hechtsprung aus der dem Weg und wird selbst von dem Lkw angefahren. Kurze Zeit später wird sie für gehirntot erklärt und ihre Organe für Organspende Zwecke entnommen. Ihr Herz wird aber von Zheng Dao Hui gestohlen um es Glas Heart zu transplantieren, da sie die als verschollen und tot geglaubte Tochter des Bosses der Organisation ist. Diese Tatsache weiß sie nicht und der Boss Li Jian Qiang erfuhr selbst erst kurz vor ihrem Selbstmordversuch davon.
Ein Jahr später liegt Glas Heart nach wie vor im Koma. Man gibt sie langsam auf und will die lebenserhaltenden Maschinen abschalten, falls sie bis zu einer bestimmten Frist das Bewusstsein nicht wieder erlangt. Im Koma träumt Glas Heart immer wieder bestimmte Träume. Teilweise sieht sie ihre Aufträge, teilweise träumt sie von einer Person: Ryo Saeba. In ihr, oder besser gesagt durch Kaori´s Gefühle für ihn, weckt sich das Verlangen ihn zu treffen. Kaori selbst "lebt" noch in Form ihrer Seele in ihrem Herz, welches nun Glas Heart implantiert wurde. Durch den Wunsch Ryo Saeba wieder zu treffen erwacht Glas Heart und macht sich auf die Reise von Taiwan nach Japan.
Währenddessen hat Ryo die Tätigkeit als City Hunter (ein weiteres Werk von Tsukasa Hojo City Hunter) aufgegeben und gibt sich aus Trauer über den Tod von Kaori dem Alkohol und den Frauen hin. Er erfährt per Zufall, dass das gestohlene Herz noch "lebt" und es nun in Glas Heart ist. Glas Heart, die gerade eben erst in Shinjuku angekommen ist, wird in eine Intrige der Qinglong Abteilung von Zheng Dao Hui verwickelt. Sie wird beschuldigt aus Rache ein Attentat an Boss Li Jian Qiang verübt zu haben. Durch diese Intrige kommt es zu öffentlichen Unruhen in Shinjuku, da die Organisation auch dort einen Machtbereich hatte und man sich auf die Suche nach Glas Heart macht. Sie selbst hat sich, angetrieben von Kaoris Gefühlen, nur das Ziel gesetzt Ryo zu finden. Beide treffen sich im Cat´s Eye, ein Café welches von einem alten Bekannten Ryo´s Hayato Ijuin Meeresgeist (海坊主), Umibouzu, im Anime: Wasserseele) oder Falke/Falcon geführt wird.
Der Boss von Zheng Dao Hui lebt noch, denn nicht er, sondern sein Zwilling Bruder und Doppelgänger Li Qian De wurde erschossen. Er entsendet seine Elite Truppe Genbu um die Verräter Qinglong zu exekutieren und hilft somit Ryo, der mit einer Hand voll Freunden Shinjuku vor einem Terror Anschlag seitens Qinglong beschützen will und sich mit ihnen eine Schlacht, in einem vorher abgeriegelten Love Hotel Viertel von Shinjuku, liefert.
Li Jian Qiang bittet Ryo danach für Glas Heart eine Art Vaterfigur zu sein und sie wieder zu resozialisieren. Da sie durch das Jahre lange strenge und erbarmungslose Training nicht mehr wie ein "normaler" Mensch denkt sondern einer Maschine gleicht, die auf Töten programmiert wurde. Dies ist auch Glas Heart´s Wunsch, die nach wie vor nicht weiß, dass sie die Tochter von Li Jian Qiang ist. Von diesem Zeitpunkt an nennt sie Ryo, Ryo-papa. Kaori nennt sich weiterhin bis zu einem weiteren Traum nur Kaori, danach nennt sie auch sie Kaori-mama und sieht in beiden ihre wahren Eltern, da sie ihre tatsächlichen Eltern nie kennen gelernt hat.
Ryo gibt Glas Heart den Namen Xiang Ying was im Chinesischen "Kaori´s Herz" bedeutet und der auch ihr wahrer Name ist den sie von Li Jian Qiang bekam. Ryo nimmt seine Beschäftigung als City Hunter auf Wunsch von Li Jian Qiang wieder auf, da er entsetzt darüber war, dass Ryo damit aufhörte und er der Meinung ist Shinjuku braucht City Hunter. Ryo und Xiang Ying erleben allerlei Abenteuer, dadurch gelingt es Xiang Ying sich nach und nach immer mehr zu resozialisieren und mit ihrer Vergangenheit abzuschließen.