Eines Tages erscheint in Japan eine riesige schwarze Säule aus dem Meer. Aus dieser Säule entseigt ein riesiger roter und ein langer, schlangenähnlicher weißer Drache, die sich beide gegenseitig vernichteten. Diesen Tag nennt man den "Tag der Konjunktion". Ein paar Jahre später machen sich die Zwillinge Ay und ihr Bruder Yu auf den Weg zur verschlossenen U-Bahn. Sie wollen ihre Eltern im "Wunderland" suchen, denn ihre Eltern haben ein Buch über das Wunderland und über den Tag der Konjunktion geschrieben. In der U-Bahn erscheint um 0:13:13 der Zug zum Wunderland. Im Zug treffen sie eine junge Frau namens Lisa, die den Grund ihrer Reise nicht nennen will. Im Wunderland angekommen, findet Yu einen Chocobo, den er hinterher jagt.
Gleich zu Beginn treffen die drei dann zum ersten mal Kaze, einen grüblerischen Fremden mit einer geheimnisvollen Waffe, die Dämonen heraufbeschwört. Aus irgendeinem Grund hilft er ihnen und geht dann wieder seiner Wege...